VariantandSVCalling:使用GATK4进行变体调用的Snakemake管道 源码

使用GATK4进行变体调用管道的Snakemake工作流程以及使用Delly和Tiddit进行结构变体调用的Snakemake工作流程 这是一个使用GATK4进行变体调用管道的Snakemake工作流程,还包括一个对结构变体的故意和轻率的调用(将包括更多的结构变体工具)。 管道使用trimgalore和cutadapt来修剪适配器。 使用Bowtie2对齐读数。 然后执行GATK4管道:添加读取组,标记重复项,进行碱基重新校准,然后使用单倍型调用程序进行变体调用。 还使用去重复的读取来使用delly调用结构变异。 要运行管道,您需要适当地更改配置文件,并使用: snakemake -jn where n is the number of cores. 例如,对于使用10个内核,请运行: snakemake -j10 或者您可以使用规则输出运行特定规则,例如,我们可以在特定样本上调