使用VarCrunch在Hadoop上处理BAM/SAM文件进行变体调用

VarCrunch 是一种专为 生殖系 和 体细胞变异调用 而设计的程序，它依托 Apache Crunch 和 Guacamole，通过 Hadoop MapReduce 在大规模分布式环境中处理 DNA测序读取。 VarCrunch 主要功能包括以下几个方面：

• 生殖系变体调用 (germline)：标准的生殖系变异调用算法。

• 读取深度分布计算 (readdepth-hist)：生成读取深度的分布。

• 读取深度区间计算 (readdepth-intervals)：计算给定区间大小的读取深度。

使用方式：

1. 构建命令：mvn -DskipTests=true。

2. 运行命令：yarn jar yarn-* -job.jar。

提示：有效的程序名称包括：germline、readdepth-hist 和 readdepth-intervals。