facets:在Costello实验室外显子组数据上运行FACETS(https:github.commskccfacets)的脚本 源码

面包装 在Costello实验室外显子组数据上运行FACETS( )的脚本 制作运行配置文件:在最新版本的配置文件上运行create_input_snp_pileup.py,然后将其子集化,以仅包含您关心的患者。 运行:要同时执行所需的上游分析和FACETS本身运行,请运行命令“ qsub -l vmem = 20gb run_snp-pileup.sh”,该命令将使用snp_pileup_input.txt(您在其中创建的配置文件)中指定的bam文件。步骤1),对它们进行堆积,然后对每个肿瘤:正常组合进行FACETS。