mosdepth:用于WGS外显子组或靶向测序的快速BAMCRAM深度计算 源码

快速的BAM / CRAM深度计算的WGS ,外显子组或靶向测序。 mosdepth可以输出: 每个碱基的深度约为快速samtools depth 2 samtools depth -30倍基因组的CPU时间约为25分钟。 给定窗口大小的平均每个窗口深度-用于CNV调用。 给定区域的BED文件的平均每个区域。 给定窗口大小的平均或中位数每区域累积覆盖率直方图 每个染色体和全基因组的指定阈值以上的碱基所占比例的分布。 合并相邻碱基的量化输出,只要它们落入相同的覆盖区域即可,例如(10-20) 阈值输出,以指示在给定阈值下每个区域覆盖了多少个碱基。 每个染色体以及每个染色体指定区域