singleCell:单细胞RnaSeq分析 源码

单细胞RnaSeq分析 您将在两个不同的目录中找到bash和R脚本。 xenomeCreation.sh基于Cell Ranger将使用的10X教程创建基因组参考。 align10x.sh对多个样本运行Cell Ranger对齐。 filterMouseReads.sh删除在鼠标上映射的读取,并使用特定于人类的读取创建干净的fasta。 qualityControl.R进行绘图以检查质量。 两个条件之间的DE-speudoBulk.R差异表达。 在bash/triggers ,有bash脚本调用(触发)其他bash脚本... trigger_filterMouseReads.sh调用filterMouseReads.sh以获得多个示例。 trigger_qualityControl.sh为几个示例调用qualityControl.sh。