scRepertoire:单细胞免疫分析的工具包 源码

曲目 单细胞免疫分析的工具包 介绍 单细胞测序是免疫学和肿瘤学领域的一项新兴技术,它使研究人员能够将RNA定量和其他方式耦合在一起,例如在单个细胞水平上对免疫细胞受体进行谱分析。 已经创建了许多工作流程和软件包来处理和分析单细胞转录组数据。 这些程序包使用户可以利用在基于单细胞的实验中生成的数据的广阔维度,并将数据提炼成新颖的见解。 与转录组领域不同,缺少允许单细胞免疫受体分析的软件选项。 为了使用户能够轻松地将RNA和免疫分布图结合起来,scRepertoire能够处理从10倍基因组学Chrome免疫分布图获得的T细胞受体(TCR)和免疫球蛋白(Ig)富集工作流程的数据,然后与流行的Seurat R软件包进行交互。 包装功能 scRepertoire v1.0.2具有方法的功能来比较克隆大小分布,如果使用clonesizeDistribution()函数, 该手稿。 此外,我们最近添加了