通过特征选择和分析来区分赖氨酸乙酰化和赖氨酸泛素化的方法

赖氨酸乙酰化和泛素化是大多数真核生物蛋白中的两个主要翻译后修饰(PTM)。 赖氨酸残基是这两种PTM的靶标,导致不同的细胞作用。 随着蛋白质序列和PTM数据可用性的提高,区分赖氨酸残基上的两种PTM具有挑战性。 实验方法通常是费力且费时的。 迫切需要用于区分赖氨酸乙酰化和泛素化的计算工具。 在这项研究中,我们开发了一种称为DAUFSA的新方法(通过特征选择和分析区分赖氨酸乙酰化和赖氨酸泛素化),以区分泛素化和乙酰化的赖氨酸残基。 该方法结合了几种类型的功能:PSSM(位置特定的评分矩阵)保守评分,氨基酸因子,二级结构,溶剂可及性和无序评分。 通过使用mRMR(最大相关性最小冗余)方法和IFS(增量特征选择)方法,从所有合并的特征中选择了包含290个特征的最佳特征集。 由最佳特征构成的基于拖拽的分类器实现了69.53%的分类精度,MCC为.3853。 最佳特征集分析表明,PSSM保守评分特征和氨基酸因子特征是最重要的属性,表明乙酰化和泛素化之间存在差异。 我们的研究结果也支持以前的发现,即乙酰化和泛素化采用了不同的基序。 在这项研究中揭示的两个修改之间的功能差异值得实验验证和进一步研究。