nextflow_pipelines:Babraham中使用的NGS处理管道集 源码

Babraham Nextflow管道 介绍 该存储库包含用于大量处理NGS数据的nextflow管道。 这些管道旨在在我们集群的环境中工作,但可以很容易地使其在其他地方工作。 这些管道使运行大量序列的标准处理变得容易。 它们通常分为以下两种类型之一: 用于完整处理特定类型数据(例如nf_rnaseq )的nf_rnaseq ,它将运行多个链接的程序 运行单个程序的管道(例如nf_fastq_screen ),在需要更有限的处理时很有用 所有管道均设计为可直接执行,并且其中许多管道只需要提供一组fastq文件即可处理。 任何执行定位步骤的人都将需要提供基因组的详细信息进行处理。 可以在此找