mods nf:使用Tombo和nanoDoc进行Nextflow管道进行RNA修饰鉴定 源码

国防部 使用Tombo和nanoDoc进行Nextflow管道进行RNA修饰鉴定 Nextflow管道中的步骤 使用seqkit将fastq文件转换为fasta文件 使用seqkit将fasta文件转换为包含所有读取ID的文本文件 使用软件ont-fast5-api (fast5_subset选项),使用文本文件中的读取ID提取相应的fast5文件。 使用牛津纳米Kong技术公司的Guppy basecaller对这些分离的fast5文件进行basecall ,并带有--fast5_out选项 使用ont-fast5-api (multi_to_single_fast5选项)将这些多fast5文件(从基本调用)转换为单fast5文件。 使用牛津纳米Kong技术公司的Tombo软件,将这些单个fast5文件与参考程序对照起来 最后,使用nanoDoc预处理经过tombo约束的fast5s