snakemake amplicon metagenomics:使用Snakemake工作流程管理工具创建的命令行生物信息学工作流程 源码

扩增子元基因组工作流程 更新:2021年3月,不再支持管道,因为QIIME在2.0版本中可用,并且不再支持1.9。 概要 该工作流程描述了一系列执行步骤,这些步骤是从样品的扩增子测序结果中提取的原始fastq文件获取到OTU表的,描述了所分析样品的分类学确定摘要。 它使用Snakemake工作流管理系统在Linux命令行上执行。 工作流程 输入文件的质量控制 修剪输入文件 修剪文件的质量控制 加入前转和引荐序列 连接序列的质量控制 簇序列 选择代表性序列 检测并删除嵌合代表序列/簇 分类分类 创建OTU表 设置 创建包含输入数据的目录。 这应该是成对的照明顺序。 这可以是指向文件系统上其他位置的数据的符号链接目录。 在config.yaml文件中: 验证工作目录,这是管道输出的位置 验证输入目录,可以是绝对路径,也可以是相对于工作目录的路径 验证参考Fasta和分类法,这可以是绝对路径