Basic Bulk RNA seq Workflow:在Snakemake中演示RNA seq工作流程 源码

Snakemake中的基本散装RNA-seq管线 目录 描述 该存储库包含两种基本形式的基本批量RNA-seq管道的演示,即Snakemake (在workflow/目录中)和bash脚本(在bash_workflow/目录中)。 这两个工作流程执行相同的分析,但是Snakemake管道更加健壮和推荐,尽管目前还不够完善。 这个Snakemake管道是作为教程的一部分而创建的,因此避免了使用某些Snakemake的完整/更复杂的实用程序。 尽管如此,它还是对bash工作流程的改进。 Snakemake版本的几个优点。 停止错误,自动删除不完整的文件 发生错误后可以重新运行/重新启动管道,并且仅运行未完全完成的步骤 可以运行到管道中的某个点而无需编辑管道 可以添加新样本并重新运行管道,以便在必要时仅运行处理新样本以及将这些新数据与其他样本数据集成所需的步骤 可以泛化分析 不必预先安装所