集合体:基于CWL的PacBio和Illumina数据自动生物信息学工作流程 源码

基于CWL的工作流来组装非模型生物的单倍体/二倍体真核生物基因组 该工作流程旨在使用PacBio的长读和Illumina的短读。 该工作流程首先提取,校正,修剪和净化长阅读。 然后将去污的修剪后的读数用于组装基因组,并使用原始读数来对其进行修饰。 接下来,将Illumina的读数清洗并用于进一步抛光所得组件。 最后,使用推断的重复序列对抛光的组件进行遮罩,并消除单倍型。 该工作流程使用BioConda和DockerHub安装所需的软件,因此是完全自动化的。 除最终装配外,工作流程还会在抛光步骤之前和之后产生中间装配。 工作流遵循CWL v1.0的语法。 依存关系 程式 可以使用或实现来运行管道