kf rnaseq workflow:适用于Kids First DRC的RNA Seq工作流程 源码

Kids First RNA-Seq工作流程 这是Kids First RNA-Seq管道,其中包括融合和表达检测。 介绍 如果有必要,该管道利用cutadapt修剪原始读取的适配器,并将读取的数据传递给STAR进行对齐。 RSEM将比对输出用于基因表达丰度估计。 此外,Kallisto用于定量,但使用伪比对从原始数据估算基因丰度。 使用STAR对齐输出上的Arriba和STAR-Fusion检测工具执行融合调用。 融合调用的过滤和优先级由annoFuse完成。 工作流程的指标由RNA-SeQC生成。 如果您想使用cavatica公共应用程序运行此工作流程,请在找到有关运行公共应用程序的基本