bulk rnaseq:使用kallisto和DESeq2处理大量RNASeq样品的工作流程 源码

批量处理 简单的工作流程即可量化基因水平的RNA丰度并检测大量RNAseq样品中的差异表达基因(DEG)。 管道使用kallisto量化笔录级别的丰度,并使用DESeq2标准化计数和检测DEG。 安装 安装Anaconda或Miniconda,然后conda install snakemake 从下载适当的kallisto参考或自行构建 克隆存储库 在samples.csv描述您的samples.csv 修改config.yaml的设置 (可选)如果计划使用SLURM集群,请在run_pipeline.sh填写#SBATCH指令,并在cluster.json填写out和account字段