论文研究 基于OpenMP的Multi Critical分子动力学并行算法优化.pdf

为提高分子动力学模拟在多核共享内存式服务器上的运算速度, 在现有的分子动力学并行算法基础上提出了Multi-Critical算法。该算法使用手动划分力矩阵的方法, 使多个线程进入不同名的临界区, 并使用分块叠加的方法优化了并行算法, 提高了并行效率。实验结果表明, 对比之前的Critical算法, 该算法的加速比和并行效率均有较大幅度的提高。