论文研究MPITBB混合并行编程模型在分子动力学中的应用.pdf

为了提高分子动力学模拟在对称多处理SMP集群上的计算速度,在分子动力学并行方法中引入MPITBB的混合并行编程模型。基于该模型,在分子动力学软件LAMMPS中设计并实现混合并行算法,在节点间采用MPI及空间分解技术实施进程级并行,节点内采用TBB及临界区技术实施线程级并行。在SMP集群中的测试表明,该方法在体系较大以及节点数较多时可以明显减少通信时间,使加速比在纯MPI模型上提高45%。结果表明,MPITBB混合并行编程模型可促进分子动力学并行模拟且效率明显提升。