Sankoff算法在系统发育树上执行核苷酸分析

桑科夫算法Matlab文件注意：对于rRNAAlign和rRNADist，假定fasta序列位于名为“sequences”的目录中。

rRNAAlign.m函数：

rRNAAlign对齐多个rRNA序列

• Input: 包含fasta文件的文件夹

• Output: 多序列比对

您可以通过以下方式在Matlab中调用该函数：

rRNAAlign('path_to_directory')

rRNADist.m函数：

rRNADist使用函数seqpdist计算序列的成对距离，并应用seqneighjoin来推断物候树

• Input: 包含fasta文件的文件夹

• Output: 成对距离矩阵