核苷酸多样性 源码

核苷酸多样性计算 概述 该程序估计基因组序列的核苷酸多样性。 用法 步骤1-BAM文件转换 使用转换BAM文件。 samtools view -h -G69 to.convert.bam | samtools view -h -G133 > file.bam 对于每个样本,从BAM文件中生成一个strandcount.csv。 java -cp /your-path-to/HAROLD/lib/htsjdk-unspecified-SNAPSHOT.jar: /Your-path-to/HAROLD/lib/picocli-4.1.2.jar: /Your-path-to/HAROLD/