PILFER:piRNA簇预测和分析框架 源码

偷 PILFER(PIrna cLuster FindER)是一种根据piRNA序列的数目和位点预测簇中簇的工具。 该工具基于piRNA保守且在簇中高表达的假设来报告簇。 还包括用于出版物的piRNA分析管道。 您需要更改脚本中使用的变量,以使其适用于您自己的数据。 同样,如果您想在其他物种上使用它,则需要构建自己的piRNA索引。 入门 zip存档中包含Python脚本pilfer.py,以及BED格式的示例输入文件。 请记住,每次读取的计数值应作为整数值出现在BED文件的第五列中。 先决条件 您需要在系统中安装Python 2.7并安装numpy模块。 大多数Python发行版都在安装中本地包含numpy模块。 如果您使用的是Python 2.6或更低版本,请确保已安装以下软件包 脾气暴躁的 操作员 系统 CSV 作业系统 精氨酸 该脚本已在Linux环境下进行了测试。 安装并运行脚