SUPERmerge:宽组蛋白标记的ChIP seq覆盖岛分析算法 开源

SUPERmerge是一种ChIP-seq读取堆积分析和注释算法,用于以单个碱基对的分辨率水平研究具有较宽染色质域的弥散组蛋白修饰ChIP-seq数据集的比对(BAM)文件。 SUPERmerge允许灵活调节各种读取堆积参数,从而揭示读取岛如何聚集到整个基因组的覆盖区域,以及它们在单个生物复制物中映射到的注释特征。 SUPERmerge对于研究低样本量的ChIP-seq实验特别有用,在该实验中,表观遗传组蛋白修饰(例如H3K9me1,H3K27me3)产生固有的宽峰,信号富集的扩散范围跨越多个连续的基因组位点和带注释的特征。