DeCET:用于分析异构组蛋白修饰ChIP seq数据集的代码 源码

DeCET(表观基因组张量的分解和分类) 储存库内容 包含用于执行DeCET核心组件的脚本。 组蛋白修饰ChIP-seq数据集(或其他基因组信号数据集)格式化为PyTorch双张量。 ChIP-seq数据必须以床格式输入为对齐的单端读取。 获得ChIP-seq数据张量的高阶奇异值分解(HOSVD)。 缩放函数,用于实现ChIP-seq数据张量的比率中值(MOR)缩放。 特定于4阶张量,且在第一和第二索引上执行了MOR。 此缩放功能用于平滑肌瘤和乳腺癌数据集。 缩放函数,用于实现3阶ChIP-seq数据张量的比率中值(MOR)缩放。 对于第二索引的每个值,分别在第一索引上执行MOR缩放。