pggb:泛基因组图构建器 源码

gg 泛基因组图构建器 该pangenome图构建管道将序列的集合渲染到pangenome图中(在变异图模型中)。它的目标是建立一个局部有向图和无环图,同时保留大范围的变化。保持局部线性对于全景基因组变异图的解释,可视化和重用很重要。 它分为三个阶段: 或 :(对齐)-它们是概率mash-map映射器。两者都使用mashmap来获得近似映射,然后应用以得出每个映射的比对。他们的基本级对齐算法不同:edyeet是基于的映射器,而wfmash使用。这些映射器用于给定长度的基因组片段,并具有指定的最大序列差异水平,以用于构建全基因组。输入中的所有段均映射到所有其他段。此步骤产生以输出格式表示的比对,其中雪茄描述其基本精确比对。 :(图形归纳)-从比对中诱导出全基因组图。归纳过程在内存有效的磁盘支持的隐式间隔树中隐式构建。然后,通过比对计算输入序列中碱基的传递闭合。通过在图中跟踪输入序列的路