Chromatin Fiber Imaging:染色质纤维成像 源码

染色质纤维成像 介绍 该工具的主要目的是从单分子定位显微镜(SMLM)数据自动检测具有用户定义大小的分子簇,并提供XY,YZ和XZ投影以供观察和进一步过滤以供专家使用。 还提供了用于参考相应的统计信息,如X和Y尺寸,Z的长度,平均的定位精度,平均光子计数,位置,最大帧间隙等的FWHM我们也建议使用web服务器版本 相依性 脾气暴躁的 大熊猫 的OpenCVPython的 LMFIT matplotlib 建议通过enviroment.yml通过conda环境建立运行环境。 用法 输入数据 输入的是SMLM数据,应为CSV格式。 每条线代表一个局部化的单分子。 这些列应包含: 栏名 描述 X 单分子质心x轴的像素坐标。 ÿ 单分子质心y轴的像素坐标。 ž 单分子质心的z轴的像素坐标。 X拟合误差 局部单分子的X拟合误差。 Y拟合误差 局部单分子的Y拟合误差。 照相计数