浮石:浮石:使用染色质构象和表观基因组学告知的模型进行预测 源码

浮石 PUMICE(使用染色质构象和表观基因组学告知的模型进行预测)是一种工具,可创建用于转录组范围关联研究的基因表达预测模型。 具体而言,PUMICE利用组织特定的3D基因组和表观基因组数据来定义包含顺式调节变体的区域,并据此对它们进行优先排序。 入门 PUMICE需要R 4.0和几个R软件包。 先决条件 PUMICE所需的R软件包列表:optparse,data.table,tidyr,tidyverse,dplyr,IRanges,GenomicRanges,genefilter,glmnet,插入符。 工具概述 要运行PUMICE,需要两个步骤。 首先,我们需要进行嵌套交叉验证,以确