寻找RNA:全面的质量控制和定量RNA seq流程 源码

寻求RNA 用于分析RNA序列数据的开源,可复制和可扩展的解决方案。 目录 2.1 2.22.32.4 3.13.2 3.3 1.简介 RNA测序( RNA-seq )具有广泛的应用。 这种流行的转录组分析技术可用于定量基因和同工型表达,检测其他剪接事件,预测基因融合,调用变体等等。 RNA-seek是一个全面的开放源代码RNA-seq管道,它依赖于诸如和来保持最高水平的可重复性。 该管道包括由精心策划的一系列数据处理和质量控制步骤, 是一种灵活且可扩展的工作流管理系统,用于将作业提交给集群或云提供商。 图1.在计算实例上本地运行,使用群集在本地运行,或使用AWS在云上运行。 用户可以定义执行的方法或模式。 管道可以使用作业调度程序(例如SLURM)将作业提交到集群,也可以使用Tibanna在AWS上运行(功能即将推出!)。 混合方法可确保所有用户均可访问管道。 作为可选步骤,可以