genome_analysis_2021 源码

生物信息学理学硕士,基因组分析 2021年Spring 该课程涉及从科学论文中复制基因组分析。 此处选择的论文是Eckalbar等人的“正在发育的蝙蝠翼的转录组学和表观基因组学表征” 。 在《自然遗传学》(2016)中,列表2中的论文。 简短的摘要 蝙蝠是仅有的进化出飞行能力的哺乳动物。 为此,他们的前肢经历了重要的适应,使他们与后肢区分开来。 以前的研究集中在理解机翼形成过程的某些部分(差异表达的基因,某些调节区域...),但是对该过程中涉及的元素尚无全面的了解。 这项研究旨在以一种全面的方式来理解蝙蝠的翅膀形成过程,其中包括了解调节元件和基因以及所涉及的信号传导过程。 项目涉及的主要分析 本文中使用的整个数据集太大,因此该项目的计算时间太长,因此使用了子样本。 使用Illumina读取获得拟南芥的基因组草图(二次采样) 前肢和后肢在三个发育阶段的转录组学(CS15,CS16,CS1