bcl2fastq:NextSeq特定的bcl2fastq2包装器 源码

NextSeq .bcl转换 bcl_to_fastq运行带有可选效果的bcl2fastq到“样本表”,并将跨通道的读取按样本连接到R1和R2中。 默认情况下,成功时将删除各个通道的不确定和读取,并将所有读取放置在BaseCalls目录中。 在bcl2fastq2转换软件v2.17.1.14以及Python 2.7和3.5上进行了测试。 跑步 $ cd /data/nextseq/170111_NS500409_0130_AHHGTMAFXX/SampleSheet.csv $ bcl_to_fastq --reverse-complement --processing 80 [2017-01-14 19:07:57 - INFO] Using /data/nextseq/170111_NS500409_0130_AHHGTMAFXX/SampleSheet.csv [2017-01-1