NIAP:NIAP是用于分析NGS和长期读取的RNA seq数据的通用管道 源码

行动计划 NIAP(天真异构体分析管道)是用于分析短读和长读RNA序列数据的通用管道。 这很幼稚,因为它不会删除有关结构和丰度的任何记录。 相反,用户可以使用NIAP的输出执行任何过滤步骤。 NIAP主要执行三项任务,包括(1)转录本合并,(2)转录本注释,(3)转录本比较和(4)长期阅读RNA-seq数据的转录本合并。 安装 git clone https://github.com/alanlamsiu/NIAP.git 执行上述四个任务的脚本可以在./NIAP/script中找到。 计算环境 所有脚本均已在Perl(v5.22.1)和Ubuntu中进行了测试。 需要bedtools( )。 运行工具脚本时,bedtool的路径可以放在$ PATH中,也可以指定。 1.笔录合并 在脚本合并步骤中,脚本NIAP_merge_v1.1.pl用于在一个或多个.gtf文件中合并具有相同结构