扩散MRI:Jupyter笔记本用于分析扩散MRI数据以便计算DTIDKINODDISS3T CSD和MSMT CSD建模的参数图 源码

扩散MRI(dMRI) 这些Jupyter笔记本包括弥散MRI数据分析以计算弥散张量成像(DTI) ,弥散峰度成像(DKI) ,神经突取向弥散和密度成像(NODDI) ,单壳3组织约束球面反褶积(SS3T-CSD)以及多壳多组织约束球面反褶积(MSMT-CSD)模型化参数图。 Jupyter笔记本电脑的预处理包括使用DIPY进行数据去噪,使用FSL TOPUP进行磁化率引起的畸变校正以及使用FSL EDDY进行涡流引起的畸变和运动校正。 注意:DKI,NODDI和MSMT-CSD建模参数图的估计需要至少两个b值(例如1000、2000)获得的扩散加权MRI数据。 依存关系 使用这些Jupyter笔记本的依赖项为: DIPY( ) Nipype( ) FSL( ) AMICO( ) MRtrix3( ) 引文 Messinger,A.,Sirmpilatze,N.,