CobraTools.jl:CobraTools是一个Julia软件包用于基于约束的代谢模型重建和分析 源码

CobraTools.jl CobraTools.jl是Julia软件包,用于基于约束的代谢模型重建和分析。 文献资料 测验 覆盖范围 该软件包旨在在Julia环境中提供基于约束的重构和分析(COBRA)工具,类似于Python中的Cobrapy和Matlab中的Cobra Toolbox。 该软件包提供基本的便捷功能,例如模型IO,构造,修改以及FBA,pFBA,采样等。它还可用于与和进行接口。 更重要的是,它还使用户接触到COBRA中使用的核心结构,例如化学计量矩阵等,从而可以尽可能轻松地编写自定义优化例程(很大程度上归因于 )。 通过openCOBRA,托管的替代Julia包 ,也存在,但其范围超过限制CobraTools.jl 。 安装 要安装此软件包: ] add https://github.com/stelmo/CobraTools.jl 。 有关更多信息,请参见文档。