linguaPhylo:LinguaPhylo:一种用于描述可视化和模拟概率系统发育模型的语言 源码

LinguaPhylo:交流和重现用于系统发育分析的概率模型 在过去的十年中,出现了一种新的科学计算和数据科学范式。 最近的一个例子是使用eLife的可复制文档堆栈发布了第一篇“可计算复制的文章”,它将传统手稿的功能与实时代码,数据和交互式图形相结合。 尽管用于统计系统发育的标准工具通过流行的开源软件和计算机可读数据文件格式提供了一定程度的可重复性和可重用性,但仍有许多工作要做。 令人沮丧的是,在系统发育学中构建和准确传达概率模型的能力令人沮丧。 不同推理包(例如BEAST1,BEAST2,MrBayes,RevBayes)之间的互操作性较低,并且这些软件使用的文件格式对研究人员而言可读性较低。 该工具包含两个相关项目:LinguaPhylo(简称Lhy)和 。 LinguaPhylo(LPhy的缩写-发音为el-fee) 在这个项目中,我们旨在开发一种模型规范语言,以简明扼要地定