Chlamydia metagenomics 源码

命令行BLAST生成文本文件作为输出。 BLAST_to_Excel.py从这些文本文件中收集数据,并将其组织到Excel电子表格中的表中。它为每个属创建一个单独的Excel文件。每个文件中都有该属中每个物种的表。它的格式为表格,列A到K。列A具有样品名称(基本上是运行BLAST的文件),列B指示样品检测的衣原体是阳性还是阴性。 C列具有通过Kraken软件识别的该物种的多少个读数,而D列具有通过BLAST确认为该物种的那些读数的多少。列E包含每次读取的前4个BLAST命中结果,除非找到该物种。例如,如果我们查看的是沙眼衣原体提取的读段,而沙眼衣原体是BLAST中的第6个匹配项,则E列将列出前6个匹配项。 G和H列分别是得分和支持的e值,列出了每个匹配结果的这些特征。 F,I和J列,区域/ CDS,同一性百分比和馏分同一性分别总结了来自比对部分的信息。最后,列K具有读取的长度。 Exce