DROMPAplus:ChIP seq管道工具用于对多个ChIP seq样本进行质量检查标准化统计分析和可视化 源码

DROMPAplus 1.概述 DROMPA(DRaw和观察多种浓缩曲线和注释)是一种ChIP-seq管道工具,可满足各种需求,包括质量检查,分析和多个ChIP样品的可视化。 DROMPAplus用C ++编写,具有许多有价值的功能。 DROMPAplus: 接受多种地图文件格式(SAM,BAM,CRAM,Bowtie,TagAlign(.gz))并读取分发格式(WIG(.gz),bigWig,bedGraph)。 支持加标归一化和总读取归一化。 输出用于ChIP-seq分析的各种质量指标。 以常规PDF格式可视化阅读分布; 因此,不需要额外的程序,对于许多用户而言,这是更理想的选择,尤其是在与生物信息学背景不强的合作者共享结果(例如,在云存储上)时。 使用SSP从单端读取自动估计片段长度。 可以在一行中可视化两个样本,描绘了读取富集的共现(例如H3K4me3和H3K27ac