DIETFITS_GutMicrobiotaPlasticity:来自DIETFITS研究的肠道菌群分析; 发现可塑性(可变性)对于持续减肥很重要 源码

DIETFITS_GutMicrobiota可塑性 DIETFITS研究中的肠道菌群分析; 发现可塑性(可变性)对于持续减肥很重要。 可在找到《科学报告》中的手稿。 这个github项目包含Grembi,Nguyen,Haggerty,Gardner,Holmes和Parsonnet进行的DIETFITS肠道菌群研究的分析文件。 这些文件包括: dada2_pipeline.R-此文件包含从原始FASTQ文件转到扩增子序列变异(ASV)表(类似于通用OTU表,但具有单独的未分组序列)的脚本。 该文件执行质量过滤,学习错误率,重复数据删除,样本推断,合并成对的末端读段,去除嵌合体和分类分配