easyseq_covid19:自动分析SARS CoV 2全基因组测序的管道使用EasySeq SARS CoV 2COVID 19全基因组测序试剂盒获得的I

EasySeq RC-PCR SARS-CoV-2 / COVID-19 变体管道V0.3 目录 基本信息 该github存储库包含一个专用于正确分析EasySeq SARS-CoV-2(COVID-19)序列测序数据的自动化管道。 所有验证均使用149 bp或151 bp配对末端读取完成。 简而言之: 自动化管道可将Illumina EasySeq COVID-19样品分析为变异报告 管道清理Illumina测序数据 使用SARS-CoV-2参考基因组(NC_045512.2) 自定义EasySeq Primer过滤和校正 测量突变和缺失 建立样本的Fasta共识 确定血统 输出结构化