SARS CoV2 variant calling example:一个具有教育意义的示例该示例使用SARS CoV2基因组使用带有短读Illumina数据的调

SARS-CoV2变量调用示例 该存储库包含用于对SARS-CoV2数据执行示例变体调用分析的代码和指令。 分析中使用的所有数据均可公开获得。 步骤1 下载并安装 第2步 克隆此存储库: git clone https://github.com/davidecarlson/SARS-CoV2-variant-calling-example.git 第三步 使用提供的环境文件,使用此分析中所需的软件创建新的conda环境: conda env create -f environment.yaml 步骤4 从下载fasta格式的SARS-CoV2参考基因组(登录号NC_045512.2)