蛋白质 ss预测:机器学习的蛋白质二级结构预测 源码

蛋白质二级结构预测 仅通过查看蛋白质的氨基酸序列即可预测二级结构。 概要: 所有氨基酸序列被合并 使用20个氨基酸及其3个二级结构(E,H和t)或8个二级结构 使用滑动窗技术 尝试使用21和13的窗口大小 中间氨基酸的二级结构用于靶结构 窗口中的每个氨基酸都翻译成一个热编码 窗口中所有氨基酸的一键编码连接在一起以获得21x20矩阵 每个单热编码矩阵解释为1通道黑白图像 类似图像的输入被提供给模型 使用CNN 尝试过RNN,LSTM或GRU,但对精度影响不大 / trained-model下的用于预测3和8二级结构的训练模型 基准测试: 预测3个二级结构:%73 预测8个二级结构:%52