ImcSegmentationPipeline:基于像素分类的多路图像分割管线 源码

基于像素分类的异质多路复用组织图像的灵活图像分割管线 介绍 该管道基于用于分割的CellProfiler( ,已测试v4.0.6)和用于像素分类的Ilastik( ,已测试v1.3.5)。 通过使用专门开发的imctools python软件包( ,> v2.1)以及自定义CellProfiler模块( ,版本v4)可以简化此过程.2.1)。 该存储库通过分步说明展示了工作流的基础。 要运行更自动化的程序,我们建议使用Snakemake实现: : 该管道是在苏黎世大学的Bodenmiller实验室( )中开发的,用于分割数百个高度复用的成像质量细胞计数(IMC)图像。 但是,