STAU1hiCLIP数据分析流程

hiCLIP揭示了Staufen 1识别的mRNA二级结构图谱，该软件包对由hiCLIP、mRNA-Seq和核糖体分析产生的高通量测序数据进行分析。

一、数据分析总结

1. 高通量序列数据Fastq文件可从以下位置获得，访问代码如下：

2. hiCLIP和iCLIP：E-MTAB-2937

3. mRNA-Seq：E-MTAB-2940

4. 核糖体分析：E-MTAB-2941

5. 对复用库Fastq文件进行解复用。

6. 数据预处理：下载并解析gtf和fasta文件等数据进行分析。c和e部分作为Sweave脚本实现。

7. 映射高通量测序读数：对hiCLIP、核糖体分析和mRNA-Seq数据进行映射。

8. 分析高通量测序数据：该分析为手稿中使用的主要数字生成图表并执行相关的统计分析。

9. 使用IGV进行混合读取的数据可视化，混合读取使用IGV进行可视化。

以下文件使用IGV进行了可视化处理。