PyPhyloGenomics系统基因组学软件包安装指南

PyPhyloGenomics 是一个用于系统基因组学的软件包，开发者包括 Carlos Peña、维克多·索利斯、帕维尔·马托斯和克里斯·小麦。该软件包在 Python v2.7 环境下开发，并提供了方便的安装方式。

安装 PyPhyloGenomics

1. 从官网下载最新版本：

[下载链接]

1. 使用以下命令进行安装：

```

python setup.py build

python setup.py install

```

1. 如果自动安装失败，您可以手动安装所有依赖项：

```

pip install -r requirements/dev.txt

```

依赖项 - MUSCLE

要使用 PyPhyloGenomics 对齐序列，您必须安装 MUSCLE。您可以从其官网进行下载并安装。特别注意，如果您使用的是 Windows，请确保根据官方指南正确安装 MUSCLE。