Kinannote:蛋白质激酶鉴定与分类 开源

Kinannote使用源自丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的HMM,源自HMM的位置特定评分矩阵,并与来自激酶网站的精选激酶数据库的本地版本进行比较,从而对用户提供的fasta文件中的蛋白激酶进行识别和分类。 如果用户输入了完整的蛋白质组,则其他模块将评估kinome的完整性,并将其与参考kinome放在上下文中。 Kinannote在UNIX命令行上运行,并且取决于本地hmmer 2和Blast 2.24的安装。 引用Kinannote:Kinannote,一种计算机程序,用于识别和分类真核蛋白激酶超家族成员Jonathan M. Goldberg; 艾莉森·格里格斯(Allison Griggs) 珍妮特·L·史密斯; 布赖恩·哈斯(Brian Haas); 珍妮弗·沃特曼(Jennifer Wortman) 曾倩东生物信息学,2013; doi:10.1093 / bioinformatics / btt419 http:http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/19/2387.full pdf:http://bioinform