GMind:开采植物UGT的工具 源码

GMind 一种用于植物基因组中UGTs挖掘的新型植物UGTs注释过程 概述 GMind是基于Augustus,GlimmerHMM的命令行程序(在Perl中),用于从植物基因组中充分挖掘UDP-糖基转移酶。 首先,将来自初始植物UGT数据库的已知植物UGT的蛋白质序列映射到未注释的植物基因组中,并将提取映射的区域用于下一个注释。 其次,对提取的UGT区域进行独立的重新注释:1)奥古斯都用195种植物基因组中所有带注释的UGT进行模型训练,2)奥古斯都用拟南芥模型种和3)GlimmerHMM和A模型种。拟南芥。 第三,使用来自Pfam的HMMER和UGT域(PF00201)从所有这些带注释的蛋白质中过滤UGT。 第四,通过计算准确度得分对过滤后的UGT进行评估,选择最佳UGT作为候选者,同时通过从映射区域中删除良好的UGT来重新标注疮痛的UGT。 最后,所有这些候选UGT将作为基因组注释