Amaranthus tuberculatus PNAS2019:Amaranthus项目的脚本等 源码

mar菜种群基因组学 该存储库包含用于对二倍体,雌雄异株植物进行各种种群基因组分析的管道集,并带有参考装配: -预处理FASTQ,运行BWAmem,使用sambamba处理bam,将picard转换为GATK -使用freebayes和filter调用SNP -运行PLINK,treemix,faststructure和beagle -使用Simon Martin的基因组通用脚本 -使用LDhat和Hapcut估计Rho -selscan,H12和scanscan2 -在分阶段的样品上运行hapmix -自定义R脚本,用于绘制每个人和每个区域的覆盖范围,以研究拷贝数异质性 -使用黑桃