AMR_prediction:机器学习框架可预测细菌菌株中抗生素抗性特征和潜在基因的未知基因 源码

评估不同机器学习算法的能力的计算框架,可以预测缺乏已知抗菌素抗性基因但显示出对这些家族药物的抗性的细菌菌株的抗生素抗性表型。 使用全基因组测序抗菌素耐药性(AMR)遗传数据和抗菌素敏感性测试(AST)表型数据评估机器学习算法在预测耐药性状方面的性能。 可以在此存储库的“数据”文件夹中访问AMR-AST数据。 请参阅AMR预测Jupyter笔记本以获取可重复的工作流程,框架数据的分析和可视化。 该框架还可以导出性能结果数据和300 dpi数字,以实现更好的可视化。