rodent whole brain preprocessing recipe:适用于小鼠和大鼠的全脑预处理工具箱 源码

啮齿动物全脑fMRI数据预处理工具箱 这是Nan Xu开发的适用于小鼠和大鼠全脑的fMRI预处理工具箱。 它遵循( )中所述的啮齿动物大脑预处理流程。 在此工具箱中,对( )中的初始预处理脚本进行了重新设计,以适应啮齿动物大脑的多个fMRI组数据集。 此工具箱已在具有不同成像和实验设置的啮齿动物的4个不同的fMRI全脑组数据集(3个大鼠组和1个小鼠组)上进行了测试。 可以获得合理的FC映射和QPP。 一,必备软件 FSL5.0,AFNI和ANTs-可以安装在PC上(请参阅“ SoftwareInstallation_fsl_afni_ants.txt”) Matlab中的PCNN3D工具箱(对于小鼠大脑预处理是可选的,请参见下面的详细信息)。 二。 资料档案 需要两个输入数据文件,每个输入数据文件的体素大小均比扫描文件大10倍(即,在使用Bruker2nifti生成.nii文件时,请