WISP:次优路径(WISP)的加权实现 开源

更新:http://git.durrantlab.com//jdurrant/wisp上的最新版本即使没有大的构象变化,变构也可以通过蛋白质残基(例如氨基酸)之间的微妙合作而发生。 动态网络分析已用于对该合作进行建模,从而有助于在计算上解释与变构位点的结合如何影响通常相距数埃的主要位点的行为。 传统上,计算工作集中在从变构点到主要活动部位的相关运动的最佳路径上。 我们提出了一个称为次优路径加权实施(WISP)的程序,该程序能够快速识别可能在变构信号的传输中也起重要作用的其他次优路径。 除了提供信号冗余外,次优路径还可以遍历残基,这些残基如果通过药理或突变手段破坏,可能会调节重要药物靶标的变构调节。