compbio galaxy wrappers:OHSU Galaxy包装纸 源码

OHSU CompBio工具 一套由银河包裹的工具。 add_af:将AF和DP批注添加到VCF中的SAMPLE列中。 注意:这是一段旧代码,需要拆分为各个组成部分并重新编写。 add_hotspots:如果您在特定的基因组位点强制进行了变体调用,这将使您可以将热点VCF与非热点VCF合并。 主要用于处理碰撞,并应用FILTER列注释。 annotate_vcf_with_bed:给定基本的BED文件,注释与所述BED文件中定义的区域重叠的VCF变量的任何实例。 将应用FILTER列注释。 breakdancer:检测结构变异。 ( )( ) cnv_ptrl:用于CNV调用的包装程序,用于扩增子测序数据。 ( ) 从Jaclyn: 该目录包含一个指向UCSC的pcawg_tools存储库的指针。 要正确设置此存储库,您将需要在存储库中添加一个子模块。 如果尚未分叉