GENIE (GEne geNe IntEraction):基于GPU的并行基因 基因相互作用分析 开源

当涉及大量的SNP时,遗传关联研究中的基因与基因相互作用需要大量的计算。 大多数最新的中央处理器(CPU)具有多个内核,而图形处理器(GPU)也具有数百个内核,并且最近已用于实现更快的科学软件。 但是,目前尚无遗传分析软件包可让用户充分利用这些多核设备的计算能力进行二进制特征的遗传相互作用分析。 在这里,我们介绍了一个新颖的软件包GENIE,该软件包利用多个GPU或CPU处理器内核的功能来并行化交互分析。 引用:Chikkagoudar,S.,Wang,K.,&Li,M.(2011)。 GENIE:用于使用多个GPU或CPU内核进行遗传关联研究中的基因与基因相互作用分析的软件包。 BMC研究记录,4(1),158。