piv_clustering:基于PIV的原子轨迹结构聚类 开源

该程序允许对例如从分子动力学模拟获得的原子轨迹进行结构聚类分析。 与其他方法有所不同,也可以分析溶液中的过程,例如液态水中的化学React,因为距离度量基于排列不变向量(PIV),该向量在相同原子或分子交换下是对称的,包括溶质和溶剂的自由度相同。 该方法是通用的,PIV的定义仅需要指定与正在研究的过程相关的原子间距离范围。 替代地,还可以采用特别适合于纳米结构的SPRINT拓扑坐标。 输出是将轨迹划分为几个结构簇(即框架集),从而可以进行更简单的分析和可视化。 请阅读并引用Gallet&Pietrucci,J. Chem。的著作。 物理139,074101(2013)