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PPLine:SNP调用注释和基因/转录物表达定量 开源

上传者: 2021-04-29 13:30:26上传 GZ文件 481.79MB 热度 6次
PPLine是基于Python的套件,旨在处理原始RNA-seq或Exome-seq数据。 PPLine提供:-读取映射(STAR / Tophat2 / bowtie / bowtie2),包括新颖的剪接点发现-基因和转录本表达估计(HTSeq-count / Cufflinks)-通过BQSR和indel重组(Samtools / GATK)进行SNP调用-变体注释(Annovar)-发现新的笔录(袖扣)-预测蛋白型肽并创建ref / alt蛋白fasta数据库-结果整合
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